Sau khi giải nghệ, Inzaghi vẫn ở lại với Lazio, huấn luyện đội trẻ Allievi and Primavera.[11][12] Ngày 03 tháng 4 năm 2016, ông được bổ nhiệm làm HLV tạm quyền sau khi CLB sa thải Stefano Pioli.[13]

Mùa giải 2016-17, Inzaghi ban đầu được thay thế bởi Marcelo Bielsa. Tuy nhiên, khi HLV người Argentina bất ngờ rời khỏi ghế của mình chỉ sau 2 ngày tại vị vì bất đồng quan điểm với chủ tịch Claudio Lotito liên quan đến công tác chuyển nhượng của đội bóng[14], Inzaghi đã được bổ nhiệm làm HLV trưởng chính thức.[15][16] Ông đã dẫn dắt đội bóng đến vị trí thứ 5 tại giải quốc nội và trận chung kết Cup Ý, thua Juventus; vào ngày 07 tháng 6 năm 2017, ông gia hạn hợp đồng cho đến năm 2020.[17]

Mùa giải 2017-18 bắt đầu rất đáng chú ý, khi Lazio đánh bại Juventus ở Supercoppa Italiana với kết quả 3-2.[18] Họ một lần nữa kết thúc thứ 5 tại Serie A, lỡ cơ hội vào vòng loại Champions League vào ngày cuối cùng sau trận thua trên sân nhà 2-3 trước Inter Milan.[19]

Mùa 2018-19 Lazio vô địch Coppa Italia sau chiến thắng 2-0 trước Atalanta, hoàn tất danh hiệu thứ 7 của họ trong lịch sử giải đấu này, qua đó đủ điều kiện tham dự vòng đấu bảng của UEFA Europa League.[20]